Atomエディタを使用していて、デフォルト設定で気になる箇所がありました。
保存時、ファイルの末尾に自動で改行が追加されるのとファイル末尾に複数行の改行があったとしても自動改行の1行だけになってしまうことです。
新規作成時であればその設定でも問題ないのですが、改修作業だと改修箇所以外は余計な修正は入れたくないです。
調べたところ設定で変更できました。
1.Atom > Preferences > Packages > Installed Packagesにwhitespaceで検索

2.Core Packagesに表示されたwhitespaceのSettingsをクリック > Ensure Single Trailing Newline のチェックを外す

以上